Aucune entreprise active n'est actuellement recensée d'Isenay dans la base SIRENE de l'INSEE (établissements marchands en activité). Avec 94 habitants, Isenay fait partie des plus petites communes du département Nièvre et ne dispose pas de tissu économique marchand structuré.
L'activité économique locale, lorsqu'elle existe, peut relever de l'agriculture, de structures non marchandes (administration, associations) ou d'établissements rattachés à une commune voisine. Les habitants travaillent généralement dans les pôles d'emploi alentour : voir la page revenus & emploi d'Isenay pour le détail des navettes domicile-travail et des catégories socioprofessionnelles.
Agriculture
L'agriculture d'Isenay compte 10 exploitations (recensement 2020). L'orientation dominante est « bovins viande ». La surface agricole utile (SAU) couvre 1 398 hectares.