Aucune entreprise active n'est actuellement recensée de Marly-sous-Issy dans la base SIRENE de l'INSEE (établissements marchands en activité). Avec 80 habitants, Marly-sous-Issy fait partie des plus petites communes du département Saône-et-Loire et ne dispose pas de tissu économique marchand structuré.
L'activité économique locale, lorsqu'elle existe, peut relever de l'agriculture, de structures non marchandes (administration, associations) ou d'établissements rattachés à une commune voisine. Les habitants travaillent généralement dans les pôles d'emploi alentour : voir la page revenus & emploi de Marly-sous-Issy pour le détail des navettes domicile-travail et des catégories socioprofessionnelles.
Agriculture
L'agriculture de Marly-sous-Issy compte 8 exploitations (recensement 2020). L'orientation dominante est « bovins viande ». La surface agricole utile (SAU) couvre 1 476 hectares.