L'offre scolaire de Vy-lès-Filain se déporte sur les communes voisines. Dampierre-sur-Linotte accueille une part des élèves.
Sans école communale, Vy-lès-Filain est intégrée au bassin de vie alentour: les écoliers de Vy-lès-Filain effectuent leur scolarité primaire dans les établissements de communes proches comme Dampierre-sur-Linotte, selon la carte scolaire académique. L'autorité pédagogique de rattachement est l'académie de Besançon. Les petites communes rurales sans école s'organisent souvent en RPI (Regroupement Pédagogique Intercommunal), dispositif qui associe plusieurs villages pour mutualiser classes et enseignants à l'échelle intercommunale.
La continuité du service scolaire repose largement sur le transport départemental, qui couvre les distances entre les villages et les pôles scolaires du bassin; ce dispositif est gratuit ou faiblement facturé selon les politiques départementales. Vy-lès-Filain est une commune franc-comtoise, à 275 m d'altitude, sur un relief de plateau ou de coteaux; ce profil territorial façonne les choix de carte scolaire et explique en partie le recours fréquent aux RPI pour maintenir l'école à proximité des familles. À l'échelle de la commune, les interlocuteurs des familles restent la mairie (inscriptions, périscolaire, cantine), la direction de l'école de rattachement (scolarité au quotidien) et, pour le second degré, les services départementaux et régionaux selon le niveau d'enseignement concerné.
Pour les indicateurs chiffrés (IPS, réussite au brevet, réussite au bac), il faut se reporter aux établissements du secteur, dont ceux de Dampierre-sur-Linotte.
L'académie de Besançon est la tutelle éducative de rattachement. À ce titre, elle publie les résultats aux examens, définit la sectorisation et assure la gestion des personnels enseignants exerçant dans les établissements du territoire. La scolarisation des plus jeunes peut passer par un regroupement pédagogique intercommunal, schéma courant dans les communes rurales dans le Haute-Saône. La carte scolaire locale prend place dans un environnement où Vy-lès-Filain est une commune franc-comtoise, à 275 m d'altitude, sur un relief de plateau ou de coteaux.
Pour les familles s'installant à Vy-lès-Filain, la scolarité dépend directement de la sectorisation mise en place par l'académie de Besançon et par le département: l'école d'affectation varie selon l'adresse de résidence. Les services éducation des communes voisines et le rectorat sont les interlocuteurs de référence pour connaître l'établissement de rattachement.
Les statistiques publiées ici (nombre d'établissements, effectifs, résultats aux examens) sont issues des bases publiques de l'Éducation nationale. Sans établissement sur la commune, la scolarisation se joue dans les villages voisins, selon la sectorisation en vigueur.
Le pilotage des parcours éducatifs s'effectue dans un cadre régional où Vy-lès-Filain est une commune franc-comtoise. Sur le plan géographique, Vy-lès-Filain est à 275 m d'altitude, sur un relief de plateau ou de coteaux — l'accès aux collèges et lycées du bassin dépend largement de cet ancrage.