Sans école communale, Bonboillon s'appuie sur le maillage scolaire de proximité — les petits habitants rejoignent notamment Venère pour leurs cours.
Bonboillon ne comptant pas d'école, les familles inscrivent leurs enfants dans les établissements du bassin, au premier rang desquels ceux de Venère — distance et transport scolaire étant des paramètres concrets à anticiper. Le ministère de l'Éducation nationale, via l'académie de Besançon, définit les règles de sectorisation. Dans les bourgs ruraux, le RPI (Regroupement Pédagogique Intercommunal) reste la modalité d'organisation dominante pour préserver l'école au plus près des habitants.
Au-delà des questions de sectorisation, la pratique scolaire de Bonboillon implique un transport organisé par le département (primaire et collège) ou la région (lycée), selon les horaires des établissements d'affectation. Sur le plan physique, Bonboillon est dans la tradition des communes de Franche-Comté, dans les collines, à une altitude moyenne de 265 m — autant d'éléments qui modulent la géographie scolaire effective, du choix des regroupements à la logistique de transport des élèves. Pour s'informer sur la scolarisation effective, les familles peuvent contacter la mairie de Bonboillon, la communauté de communes (pour le périscolaire mutualisé) et la direction départementale des services de l'Éducation nationale (DSDEN), interlocuteur pour les affectations.
Les données de performance scolaire portent sur les établissements du bassin de rattachement, à commencer par ceux de Venère.
Côté gouvernance, la commune dépend de l'académie de Besançon. Le rectorat pilote la carte scolaire, affecte les enseignants et organise les examens nationaux (brevet, baccalauréat) pour l'ensemble des établissements du territoire. Les petites communes rurales comme Bonboillon s'organisent fréquemment en regroupement pédagogique intercommunal (RPI) pour mutualiser les classes entre plusieurs villages. Bonboillon est dans la tradition des communes de Franche-Comté, dans les collines, à une altitude moyenne de 265 m, ce qui pèse sur l'offre scolaire et universitaire accessible localement.
La carte scolaire — définie conjointement par la commune de rattachement et l'académie de Besançon — détermine l'école puis le collège et le lycée fréquentés. Les familles de Bonboillon se réfèrent à l'adresse du domicile pour identifier leur établissement d'affectation.
Les statistiques publiées ici (nombre d'établissements, effectifs, résultats aux examens) sont issues des bases publiques de l'Éducation nationale. Sans établissement sur la commune, la scolarisation se joue dans les villages voisins, selon la sectorisation en vigueur.
La carte scolaire et l'offre de formation se déploient dans un cadre régional où Bonboillon est dans la tradition des communes de Franche-Comté. Ce contexte physique (dans les collines, à une altitude moyenne de 265 m) module les temps de trajet scolaires.