L'offre scolaire de Chêne-Sec se déporte sur les communes voisines. Rye accueille une part des élèves.
Sans école communale, Chêne-Sec est intégrée au bassin de vie alentour: les écoliers de Chêne-Sec effectuent leur scolarité primaire dans les établissements de communes proches comme Rye, selon la carte scolaire académique. L'autorité pédagogique de rattachement est l'académie de Besançon. Les petites communes rurales sans école s'organisent souvent en RPI (Regroupement Pédagogique Intercommunal), dispositif qui associe plusieurs villages pour mutualiser classes et enseignants à l'échelle intercommunale.
La continuité du service scolaire repose largement sur le transport départemental, qui couvre les distances entre les villages et les pôles scolaires du bassin; ce dispositif est gratuit ou faiblement facturé selon les politiques départementales. Chêne-Sec est dans la tradition des bourgs jurassiens, en contexte de collines, à une altitude moyenne de 202 m; ce profil territorial façonne les choix de carte scolaire et explique en partie le recours fréquent aux RPI pour maintenir l'école à proximité des familles. À l'échelle de la commune, les interlocuteurs des familles restent la mairie (inscriptions, périscolaire, cantine), la direction de l'école de rattachement (scolarité au quotidien) et, pour le second degré, les services départementaux et régionaux selon le niveau d'enseignement concerné.
Pour les indicateurs chiffrés (IPS, réussite au brevet, réussite au bac), il faut se reporter aux établissements du secteur, dont ceux de Rye.
L'académie de Besançon est la tutelle éducative de rattachement. À ce titre, elle publie les résultats aux examens, définit la sectorisation et assure la gestion des personnels enseignants exerçant dans les établissements du territoire. La scolarisation des plus jeunes peut passer par un regroupement pédagogique intercommunal, schéma courant dans les communes rurales dans le Jura. Chêne-Sec est dans la tradition des bourgs jurassiens, en contexte de collines, à une altitude moyenne de 202 m, un contexte qui conditionne l'organisation du bassin scolaire.
Sans école sur le territoire, la scolarisation passe par la sectorisation académique: chaque adresse est rattachée à une école du secteur, puis à un collège (sectorisation départementale) et à un lycée (sectorisation académique). Le rectorat de l'académie de Besançon publie les périmètres.
Les statistiques publiées ici (nombre d'établissements, effectifs, résultats aux examens) sont issues des bases publiques de l'Éducation nationale. Sans établissement sur la commune, la scolarisation se joue dans les villages voisins, selon la sectorisation en vigueur.
Le bassin scolaire s'apprécie à l'aune du cadre régional — Chêne-Sec est dans la tradition des bourgs jurassiens. Sur le plan géographique, Chêne-Sec est en contexte de collines, à une altitude moyenne de 202 m — l'accès aux collèges et lycées du bassin dépend largement de cet ancrage.
Les effectifs scolaires reflètent la structure démographique de Chêne-Sec (jeunes, familles, vieillissement).