La commune ne compte aucun établissement scolaire. Les élèves sont accueillis dans les écoles des communes limitrophes, notamment Loulans-Verchamp.
Les jeunes habitants de Flagey-Rigney sont rattachés au bassin scolaire voisin et fréquentent notamment les écoles de Loulans-Verchamp — un schéma classique pour les petits villages ruraux ou de montagne. Le rectorat de Besançon pilote la sectorisation et la répartition des moyens enseignants. Pour les villages de très petite taille, la formule du Regroupement Pédagogique Intercommunal (RPI) est la plus fréquente: elle partage classes et personnels entre plusieurs communes limitrophes.
Pour les familles, le paramètre concret à considérer reste le transport scolaire: le département organise le ramassage des écoliers et collégiens entre les villages rattachés et les établissements du bassin, ce qui conditionne la vie quotidienne des élèves en âge scolaire. Sur le plan physique, Flagey-Rigney est dans le maillage rural de la Franche-Comté, perchée à 256 m d'altitude, dans un relief de collines — autant d'éléments qui modulent la géographie scolaire effective, du choix des regroupements à la logistique de transport des élèves. Concrètement, les enfants de Flagey-Rigney suivent une scolarité organisée à l'échelle du bassin: inscription via la mairie ou l'école de rattachement, transport scolaire départemental, périscolaire communal ou intercommunal, et passage au collège de secteur à l'issue du CM2.
Les données de performance scolaire portent sur les établissements du bassin de rattachement, à commencer par ceux de Loulans-Verchamp.
L'académie de Besançon supervise les établissements de Flagey-Rigney. Elle publie chaque année les résultats consolidés (taux de réussite au brevet et au baccalauréat, IPS des établissements) et coordonne les politiques éducatives territoriales. Comme nombre de petites communes rurales, la scolarisation peut s'appuyer sur un regroupement pédagogique intercommunal (RPI) avec les villages voisins — dispositif qui permet de maintenir une offre scolaire de proximité malgré des effectifs trop faibles pour une école autonome. Flagey-Rigney est dans le maillage rural de la Franche-Comté, perchée à 256 m d'altitude, dans un relief de collines, un contexte qui conditionne l'organisation du bassin scolaire.
Pour les familles s'installant à Flagey-Rigney, la scolarité dépend directement de la sectorisation mise en place par l'académie de Besançon et par le département: l'école d'affectation varie selon l'adresse de résidence. Les services éducation des communes voisines et le rectorat sont les interlocuteurs de référence pour connaître l'établissement de rattachement.
Sources des données: annuaire de l'Éducation nationale, DEPP (indicateurs de résultats des lycées et IPS), effectifs scolaires. En l'absence d'école à Flagey-Rigney, les éléments à destination des familles portent sur le bassin de scolarisation.
L'offre éducative locale se lit dans son contexte régional: Flagey-Rigney est dans le maillage rural de la Franche-Comté. La commune est perchée à 256 m d'altitude, dans un relief de collines, un cadre physique qui conditionne les temps de trajet vers les établissements du secteur.
Les effectifs scolaires reflètent la structure démographique de Flagey-Rigney (jeunes, familles, vieillissement).