Aucune entreprise active n'est actuellement recensée de Fontenay-sous-Fouronnes dans la base SIRENE de l'INSEE (établissements marchands en activité). Avec 90 habitants, Fontenay-sous-Fouronnes fait partie des plus petites communes du département Yonne et ne dispose pas de tissu économique marchand structuré.
L'activité économique locale, lorsqu'elle existe, peut relever de l'agriculture, de structures non marchandes (administration, associations) ou d'établissements rattachés à une commune voisine. Les habitants travaillent généralement dans les pôles d'emploi alentour : voir la page revenus & emploi de Fontenay-sous-Fouronnes pour le détail des navettes domicile-travail et des catégories socioprofessionnelles.
Agriculture
L'agriculture de Fontenay-sous-Fouronnes compte 3 exploitations (recensement 2020). L'orientation dominante est « céréales et/ou oléoprotéagineux ». La surface agricole utile (SAU) couvre 279 hectares.