Montmarlon n'accueille pas d'école sur son territoire. Les familles sont rattachées aux établissements voisins, au premier rang desquels Andelot-en-Montagne.
Le bassin scolaire de Montmarlon s'organise autour de Andelot-en-Montagne, commune centre où sont implantées les écoles accueillant les élèves du secteur — configuration habituelle en zone rurale peu peuplée. Le ressort académique est celui de Besançon. Dans les territoires de ce profil, le Regroupement Pédagogique Intercommunal (RPI) permet de répartir les niveaux entre les écoles de plusieurs communes voisines et d'éviter la fermeture d'établissements ruraux.
Le modèle rural associe école de bassin, ramassage scolaire et parfois cantine scolaire mutualisée: un schéma qui permet de maintenir le service éducatif dans des territoires où la densité ne justifie plus une école par commune. Sur le plan physique, Montmarlon est une commune de l'arc jurassien, entre plateaux et vallées, à une altitude moyenne de 680 m, sur un relief marqué — autant d'éléments qui modulent la géographie scolaire effective, du choix des regroupements à la logistique de transport des élèves. Concrètement, les enfants de Montmarlon suivent une scolarité organisée à l'échelle du bassin: inscription via la mairie ou l'école de rattachement, transport scolaire départemental, périscolaire communal ou intercommunal, et passage au collège de secteur à l'issue du CM2.
Les indicateurs de performance (IPS, taux de réussite au brevet et au baccalauréat) sont consultables sur les établissements du bassin de Montmarlon, notamment à Andelot-en-Montagne.
L'ensemble des établissements de Montmarlon relèvent de l'académie de Besançon — cette dernière, déclinaison territoriale du ministère de l'Éducation nationale, assure la coordination pédagogique, la gestion des enseignants et la définition de la carte scolaire. Le fonctionnement en RPI (regroupement pédagogique intercommunal) est une modalité courante pour les communes de ce calibre, permettant de partager les effectifs entre villages voisins. Montmarlon est une commune de l'arc jurassien, entre plateaux et vallées, à une altitude moyenne de 680 m, sur un relief marqué, un contexte qui conditionne l'organisation du bassin scolaire.
Pour les familles s'installant à Montmarlon, la scolarité dépend directement de la sectorisation mise en place par l'académie de Besançon et par le département: l'école d'affectation varie selon l'adresse de résidence. Les services éducation des communes voisines et le rectorat sont les interlocuteurs de référence pour connaître l'établissement de rattachement.
Les statistiques publiées ici (nombre d'établissements, effectifs, résultats aux examens) sont issues des bases publiques de l'Éducation nationale. Sans établissement sur la commune, la scolarisation se joue dans les villages voisins, selon la sectorisation en vigueur.
La carte scolaire et l'offre de formation se déploient dans un cadre régional où Montmarlon est une commune de l'arc jurassien, entre plateaux et vallées. L'accessibilité des établissements du secondaire est conditionnée par le cadre physique — la commune est à une altitude moyenne de 680 m, sur un relief marqué.
Les effectifs scolaires reflètent la structure démographique de Montmarlon (jeunes, familles, vieillissement).