Aucune école n'est implantée à Villotte-Saint-Seine: les enfants rejoignent les établissements dans le Côte-d'Or, le plus souvent à Verrey-sous-Salmaise.
Faute d'établissement sur le territoire communal, les élèves rejoignent les écoles du secteur, à commencer par Verrey-sous-Salmaise, dans le cadre d'une sectorisation intercommunale partagée avec les villages alentour. L'académie de Dijon arrête la carte scolaire. Les écoles des petites communes de ce calibre sont souvent organisées en RPI, soit concentré (une école accueille toutes les classes), soit dispersé (les classes sont réparties entre plusieurs sites).
L'organisation scolaire effective passe par le transport: bus de ramassage pour les écoliers, cars scolaires pour les collégiens vers les chefs-lieux de canton, transport mixte voire adapté en zone de montagne ou de faible densité, selon les configurations locales. Le contexte géographique — Villotte-Saint-Seine est dans les paysages de Bourgogne, à 475 m d'altitude, sur un plateau ou des coteaux élevés — s'imprime dans l'organisation scolaire réelle: dispersion des écoles, ramassage étendu, cycles parfois mutualisés entre plusieurs villages. Les repères utiles aux familles: la mairie centralise les démarches d'état civil et d'inscription, le département pilote le transport et les collèges, la région gère les lycées, l'académie arbitre la sectorisation. Ce schéma à plusieurs niveaux est typique des communes rurales françaises.
Sans établissement évalué de Villotte-Saint-Seine, les indicateurs nationaux (IPS, résultats au brevet et au bac) sont disponibles sur les établissements du secteur, en particulier à Verrey-sous-Salmaise.
Les établissements scolaires de Villotte-Saint-Seine sont placés sous l'autorité de l'académie de Dijon, dont les services déconcentrés assurent le pilotage pédagogique et administratif sur le terrain. Le fonctionnement en RPI (regroupement pédagogique intercommunal) est une modalité courante pour les communes de ce calibre, permettant de partager les effectifs entre villages voisins. Villotte-Saint-Seine est dans les paysages de Bourgogne, à 475 m d'altitude, sur un plateau ou des coteaux élevés, un contexte qui conditionne l'organisation du bassin scolaire.
Sans école sur le territoire, la scolarisation passe par la sectorisation académique: chaque adresse est rattachée à une école du secteur, puis à un collège (sectorisation départementale) et à un lycée (sectorisation académique). Le rectorat de l'académie de Dijon publie les périmètres.
Les statistiques publiées ici (nombre d'établissements, effectifs, résultats aux examens) sont issues des bases publiques de l'Éducation nationale. Sans établissement sur la commune, la scolarisation se joue dans les villages voisins, selon la sectorisation en vigueur.
Le bassin scolaire s'apprécie à l'aune du cadre régional — Villotte-Saint-Seine est dans les paysages de Bourgogne. Ce contexte physique (à 475 m d'altitude, sur un plateau ou des coteaux élevés) module les temps de trajet scolaires.