Aucune école n'est implantée à Fontenu: les enfants rejoignent les établissements dans le Jura, le plus souvent à Doucier.
Faute d'établissement sur le territoire communal, les élèves rejoignent les écoles du secteur, à commencer par Doucier, dans le cadre d'une sectorisation intercommunale partagée avec les villages alentour. L'académie de Besançon est la tutelle institutionnelle. La scolarisation effective s'organise souvent sous la forme d'un RPI — plusieurs villages regroupent leurs classes pour atteindre une taille critique et maintenir une école ouverte dans le bassin.
L'organisation scolaire effective passe par le transport: bus de ramassage pour les écoliers, cars scolaires pour les collégiens vers les chefs-lieux de canton, transport mixte voire adapté en zone de montagne ou de faible densité, selon les configurations locales. Le contexte géographique — Fontenu est dans la tradition des bourgs jurassiens, à 572 m d'altitude, sur un plateau ou des coteaux élevés — s'imprime dans l'organisation scolaire réelle: dispersion des écoles, ramassage étendu, cycles parfois mutualisés entre plusieurs villages. Les familles qui s'installent à Fontenu doivent composer avec une scolarisation déportée sur les communes voisines: les démarches d'inscription passent par la mairie de rattachement, le transport est assuré par le département, et la carte scolaire dépend de l'adresse précise du domicile.
Sans établissement évalué de Fontenu, les indicateurs nationaux (IPS, résultats au brevet et au bac) sont disponibles sur les établissements du secteur, en particulier à Doucier.
Les établissements scolaires de Fontenu sont placés sous l'autorité de l'académie de Besançon, dont les services déconcentrés assurent le pilotage pédagogique et administratif sur le terrain. Comme nombre de petites communes rurales, la scolarisation peut s'appuyer sur un regroupement pédagogique intercommunal (RPI) avec les villages voisins — dispositif qui permet de maintenir une offre scolaire de proximité malgré des effectifs trop faibles pour une école autonome. Le cadre territorial éducatif: Fontenu est dans la tradition des bourgs jurassiens, à 572 m d'altitude, sur un plateau ou des coteaux élevés.
Sans école sur le territoire, la scolarisation passe par la sectorisation académique: chaque adresse est rattachée à une école du secteur, puis à un collège (sectorisation départementale) et à un lycée (sectorisation académique). Le rectorat de l'académie de Besançon publie les périmètres.
Les données présentées sur cette page s'appuient sur les bases publiques du ministère de l'Éducation nationale (annuaire EN, DEPP) et sur l'observatoire territorial: inventaire des établissements, IPS, résultats aux examens. Pour la scolarisation effective, il convient de se rapprocher de la commune de rattachement.
Le bassin scolaire s'apprécie à l'aune du cadre régional — Fontenu est dans la tradition des bourgs jurassiens. La commune est à 572 m d'altitude, sur un plateau ou des coteaux élevés, un cadre physique qui conditionne les temps de trajet vers les établissements du secteur.
Les effectifs scolaires reflètent la structure démographique de Fontenu (jeunes, familles, vieillissement).