L'offre scolaire de Moutoux se déporte sur les communes voisines. Saint-Germain-en-Montagne accueille une part des élèves.
Sans école communale, Moutoux est intégrée au bassin de vie alentour: les écoliers de Moutoux effectuent leur scolarité primaire dans les établissements de communes proches comme Saint-Germain-en-Montagne, selon la carte scolaire académique. L'autorité pédagogique de rattachement est l'académie de Besançon. Les petites communes rurales sans école s'organisent souvent en RPI (Regroupement Pédagogique Intercommunal), dispositif qui associe plusieurs villages pour mutualiser classes et enseignants à l'échelle intercommunale.
Côté vie pratique, le transport scolaire départemental prend en charge l'acheminement des élèves depuis leur village de résidence vers l'école d'affectation — un service structurant dans les territoires ruraux peu denses, où les distances domicile-école sont plus longues qu'en zone urbaine. Moutoux est une commune du massif jurassien, en moyenne montagne, à 693 m d'altitude; ce profil territorial façonne les choix de carte scolaire et explique en partie le recours fréquent aux RPI pour maintenir l'école à proximité des familles. À l'échelle de la commune, les interlocuteurs des familles restent la mairie (inscriptions, périscolaire, cantine), la direction de l'école de rattachement (scolarité au quotidien) et, pour le second degré, les services départementaux et régionaux selon le niveau d'enseignement concerné.
Pour les indicateurs chiffrés (IPS, réussite au brevet, réussite au bac), il faut se reporter aux établissements du secteur, dont ceux de Saint-Germain-en-Montagne.
L'académie de Besançon est la tutelle éducative de rattachement. À ce titre, elle publie les résultats aux examens, définit la sectorisation et assure la gestion des personnels enseignants exerçant dans les établissements du territoire. La scolarisation des plus jeunes peut passer par un regroupement pédagogique intercommunal, schéma courant dans les communes rurales dans le Jura. Moutoux est une commune du massif jurassien, en moyenne montagne, à 693 m d'altitude, un contexte qui conditionne l'organisation du bassin scolaire.
Sans école sur le territoire, la scolarisation passe par la sectorisation académique: chaque adresse est rattachée à une école du secteur, puis à un collège (sectorisation départementale) et à un lycée (sectorisation académique). Le rectorat de l'académie de Besançon publie les périmètres.
Les statistiques publiées ici (nombre d'établissements, effectifs, résultats aux examens) sont issues des bases publiques de l'Éducation nationale. Sans établissement sur la commune, la scolarisation se joue dans les villages voisins, selon la sectorisation en vigueur.
Moutoux est une commune du massif jurassien, un cadre régional qui pèse sur la carte scolaire locale. L'accessibilité des établissements du secondaire est conditionnée par le cadre physique — la commune est en moyenne montagne, à 693 m d'altitude.
Les effectifs scolaires reflètent la structure démographique de Moutoux (jeunes, familles, vieillissement).