Les enfants de Baudignan sont scolarisés hors commune, dans les établissements du secteur, à commencer par Rimbez-et-Baudiets.
Pour la scolarité primaire, les enfants de Baudignan sont accueillis à Rimbez-et-Baudiets et dans les communes voisines, dans le cadre d'un bassin de vie partagé qui mutualise les effectifs scolaires des villages alentour. L'académie de Bordeaux arrête la carte scolaire. Les écoles des petites communes de ce calibre sont souvent organisées en RPI, soit concentré (une école accueille toutes les classes), soit dispersé (les classes sont réparties entre plusieurs sites).
L'organisation scolaire effective passe par le transport: bus de ramassage pour les écoliers, cars scolaires pour les collégiens vers les chefs-lieux de canton, transport mixte voire adapté en zone de montagne ou de faible densité, selon les configurations locales. Le cadre géographique de Baudignan — dans les paysages contrastés de la côte atlantique, à 149 m d'altitude, sur un relief peu marqué — structure autant l'accès à l'école que les services périscolaires, deux dimensions qui pèsent dans le choix d'installation des familles avec enfants. À l'échelle de la commune, les interlocuteurs des familles restent la mairie (inscriptions, périscolaire, cantine), la direction de l'école de rattachement (scolarité au quotidien) et, pour le second degré, les services départementaux et régionaux selon le niveau d'enseignement concerné.
Sans établissement évalué de Baudignan, les indicateurs nationaux (IPS, résultats au brevet et au bac) sont disponibles sur les établissements du secteur, en particulier à Rimbez-et-Baudiets.
Sur le plan administratif, Baudignan est rattachée à l'académie de Bordeaux, circonscription qui pilote les établissements scolaires sur un territoire regroupant plusieurs départements. Les petites communes rurales comme Baudignan s'organisent fréquemment en regroupement pédagogique intercommunal (RPI) pour mutualiser les classes entre plusieurs villages. La carte scolaire locale prend place dans un environnement où Baudignan est dans les paysages contrastés de la côte atlantique, à 149 m d'altitude, sur un relief peu marqué.
La carte scolaire — définie conjointement par la commune de rattachement et l'académie de Bordeaux — détermine l'école puis le collège et le lycée fréquentés. Les familles de Baudignan se réfèrent à l'adresse du domicile pour identifier leur établissement d'affectation.
Les statistiques publiées ici (nombre d'établissements, effectifs, résultats aux examens) sont issues des bases publiques de l'Éducation nationale. Sans établissement sur la commune, la scolarisation se joue dans les villages voisins, selon la sectorisation en vigueur.
Baudignan est dans les paysages contrastés de la côte atlantique, un cadre régional qui pèse sur la carte scolaire locale. L'accessibilité des établissements du secondaire est conditionnée par le cadre physique — la commune est à 149 m d'altitude, sur un relief peu marqué.
Les effectifs scolaires reflètent la structure démographique de Baudignan (jeunes, familles, vieillissement).