Aucune entreprise active n'est actuellement recensée de Courtonne-les-Deux-Églises dans la base SIRENE de l'INSEE (établissements marchands en activité). Courtonne-les-Deux-Églises ne dispose pas, à ce jour, d'établissement marchand répertorié sur son territoire.
L'activité économique locale, lorsqu'elle existe, peut relever de l'agriculture, de structures non marchandes (administration, associations) ou d'établissements rattachés à une commune voisine. Les habitants travaillent généralement dans les pôles d'emploi alentour : voir la page revenus & emploi de Courtonne-les-Deux-Églises pour le détail des navettes domicile-travail et des catégories socioprofessionnelles.
Agriculture
L'activité agricole biologique de Courtonne-les-Deux-Églises s'articule autour de 2 exploitations, pour une SAU bio de 109 hectares, dont 100 % en certification complète.