Aucune entreprise active n'est actuellement recensée de Fontaines-les-Sèches dans la base SIRENE de l'INSEE (établissements marchands en activité). Avec 26 habitants, Fontaines-les-Sèches fait partie des plus petites communes du département Côte-d'Or et ne dispose pas de tissu économique marchand structuré.
L'activité économique locale, lorsqu'elle existe, peut relever de l'agriculture, de structures non marchandes (administration, associations) ou d'établissements rattachés à une commune voisine. Les habitants travaillent généralement dans les pôles d'emploi alentour : voir la page revenus & emploi de Fontaines-les-Sèches pour le détail des navettes domicile-travail et des catégories socioprofessionnelles.
Agriculture
L'agriculture de Fontaines-les-Sèches compte 2 exploitations (recensement 2020). L'orientation dominante est « céréales et/ou oléoprotéagineux ». La surface agricole utile (SAU) couvre 209 hectares.