Aucune entreprise active n'est actuellement recensée de Gissey-sous-Flavigny dans la base SIRENE de l'INSEE (établissements marchands en activité). Avec 98 habitants, Gissey-sous-Flavigny fait partie des plus petites communes du département Côte-d'Or et ne dispose pas de tissu économique marchand structuré.
L'activité économique locale, lorsqu'elle existe, peut relever de l'agriculture, de structures non marchandes (administration, associations) ou d'établissements rattachés à une commune voisine. Les habitants travaillent généralement dans les pôles d'emploi alentour : voir la page revenus & emploi de Gissey-sous-Flavigny pour le détail des navettes domicile-travail et des catégories socioprofessionnelles.
Agriculture
L'activité agricole biologique de Gissey-sous-Flavigny s'articule autour de 2 exploitations, pour une SAU bio de 508 hectares, dont 100 % en certification complète.