Un premier prieuré mixte aurait été fondé à Alix dès le VIIIe siècle. En 1219, le chapitre des bénédictines de Saint-Denis apparait dans une charte, il est sous la protection Philippe Auguste ; Guichard III de Beaujeu y déclare vouloir protéger les sœurs des convoitises de l'archevêque de Lyon. Les bénédictines sont également voisines des seigneurs châtelains de Marzé qui se font ensevelir au prieuré. En 1558, les religieuses sollicitent Marie Stuart, épouse de François II qui les prend sous son aile. Ce qui n'empêche pas leur dispersion, sous le coup des attaques des troupes protestantes et les exactions du Baron des Adrets. Depuis le Moyen Age, le grand prieur de Savigny était le supérieur majeur du prieuré et des aumôniers en assuraient le service religieux. En 1598, Henri IV les aide à recouvrir les biens perdus grâce à l'intervention du sénéchal de Lyon. Néanmoins, le couvent décline jusqu'en 1753. A cette date, Louise de Musy de Véronin (1694-1780) qui avait intégré le chapitre en 1723 en est devenue la prieure, ayant l'affection de Louis XV, elle n'eut de cesse de lui demander des subsides pour reconstruire un chapitre de chanoinesses digne de ce nom et une nouvelle église. Une plaque gravée rappelle l'épisode en 1768 de la pose de la première pierre par Madame de Muzy au dos de la façade ouest. Lors de la suppression de l'abbaye de Savigny en 1780, les chanoinesses récupèrent une partie des biens de celle-ci et le couvent prend le titre d'abbaye qui abrite alors 43 chanoinesses. Après leur dispersion à la Révolution, le prieuré est mis sous séquestre avant d'être racheté sur ses propres deniers par le cardinal Fesch en 1807 qui y installe un séminaire. L'école fonctionne avec les anciens bâtiments dans un premier temps, puis, l'afflux de séminaristes et la vétusté des locaux incitent le diocèse à des travaux qui débutent vers 1841 avec la construction du bâtiment du séminaire. A partir de 1865, des modifications importantes concernent l'église. L'architecte caladois Drevet est chargé de ces travaux qui sembles s'achever vers 1873. Le séminaire est supprimé en 1904 et devient propriété du département qui décide d'y installer un lazaret et un hospice. En 1915, en août « l'asile départemental » est confié aux HCL, en décembre une partie de l'hôpital reste consacré aux tuberculeux. Un bâtiment annexe est construit en 1922. Dans les années 1980, une maison de retraite prend place dans le complexe.
L'église est enchâssée au nord et au sud dans le bâtiment de l'ancien séminaire, propriété de l'hôpital. La place publique à l'ouest est cernée par d'anciennes maisons de chanoinesses et par le logis des pupilles du roi, toutes devenues maisons individuelles, à droite de l'entrée principale de l'église, se trouve une entrée de service de l'hôpital. Le sud de la nef, au bas-côté peu décoré, est bordé par un jardin clos par un portail majestueux en pierre ocre rouge et un mur en pierre, laissant à voir les fenêtres de la sacristie et la façade d'un ancien bâtiment des chanoinesses. L'orientation de l'église est inversée, le chœur se trouvant dans la partie ouest de l'édifice. La façade principale de l'église a une hauteur égale à sa largeur formant un carré surmonté d'un fronton triangulaire, lui-même surmonté par une croix de pierre. A l'intérieur, côté entrée principale, la nef voûtée en plein cintre, allongée au cours des travaux d'aménagement vers 1873, ne présente pas de rupture visible. Les décors ont été refaits en grande partie du XIXe siècle avec de faux marbres et faux joints. Le chœur circulaire se présente à la manière d'une tholos à la périphérie de laquelle sont installées les stalles de Lefevre de 1770 avec sa stalle prieurale à baldaquin et la chaire à prêcher plus tardive vers 1870. Une coupole où est figuré le Saint Esprit couvre la rotonde, éclairée par deux baies cintrées dont les vitraux représentent, l'un les symboles attachés à Pie V et l'autre ceux du Cardinal de Bonald. Sous l'église se trouve une crypte où étaient ensevelies les prieures, il s'agit d'un crypte voûté, transformée en chambre froide par l'hôpital. Le plan en coupe de l'église côté ouest présente une sorte d'avancée de l'abside au-dessus du hall d'entrée de l'hôpital, la façade ouest de l'église Saint-Denis couvre cette entrée et elle est soulignée par le perron permettant d'y accéder. La protection, imprécise et incomplète exclue de l'inscription même, les intérieurs de cette partie ouest et une partie indéterminée de la nef ainsi que la crypte et le grenier tous situés sur la même parcelle d'assiette.
