Au 10e siècle s'élevait une église dédiée à saint Martin, qui devait être le but d'un pèlerinage. Au 11e siècle, Guifred II, comte de Cerdagne et de Conflent, sa femme et sa mère firent de riches dons à cette église. Le comte voulut y installer des moines bénédictins et fit des dons pour la construction du monastère. Une colonie de Cuxa se rendit au Canigou. L'église du monastère fut consacrée en 1009. Par une bulle de 1011, le Pape reconnut que l'abbaye relevait du Saint Siège. En 1014, le comte y fit mettre les reliques de saint Gaudérique, prises à Toulouse. Une chapelle spécifique fut bâtie à côté de l'église. Quittant sa famille, le comte vécut à l'abbaye à partir de 1043 et y mourut en 1049. Les guerres du 14e siècle stoppèrent la prospérité de l'abbaye. En 1428, un tremblement de terre renversa le clocher de l'église. Peu avant la Révolution, les moines quittèrent l'abbaye après avoir demandé leur sécularisation en 1779. Bâtiments claustraux et église furent alors utilisés comme carrière par les habitants des environs. Au début du 20e siècle, monseigneur de Carsalade du Pont, évêque de Perpignan, entreprit de relever les ruines et d'y ramener ce qui avait été éparpillé. ££Sous la tour du clocher, accolée à la façade nord de l'église, se trouve l'entrée menant à une cour. D'un côté de cette cour s'élève l'église ; de l'autre, au pied d'un mur moderne, se trouve le tombeau de Guiffred. Le cloître est placé de l'autre côté de l'église, accolé à sa façade sud. L'église se compose d'une nef centrale et de deux bas-côtés. Chacun de ces vaisseaux se termine à l'est par une abside sans choeur. Les six travées sont successivement délimitées par deux paires de colonnes, une paire de piles cruciformes et deux autres paires de colonnes. Les trois voûtes sont en berceau, la centrale étant plus élevée. Les chapiteaux sont couverts d'une ornementation plate romane (animaux, feuillages, moulures). Seul le grand chapiteau de marbre qui supporte la table du maître-autel a été sculpté en relief (scènes de la vie de saint Martin). La crypte de saint Martin se présente comme une église inférieure dépassant, côté ouest, l'aplomb de la façade. Les travées y sont deux fois plus nombreuses que dans l'église supérieure. La tour du clocher, accolée à la façade nord de l'église, est carrée et se dresse sur trois étages. Au rez-de-chaussée se trouve le passage d'entrée de l'abbaye. Au-dessus de la porte orientale du couloir ressort une petite absidiole qui rappelle l'usage de placer un autel dans les tours. Au premier étage s'ouvrent deux fenêtres cintrées, surmontées d'arcatures. Le second étage comporte quatre fenêtres cintrées, unies deux par deux par de petites colonnettes. Le tremblement de terre de 1428 avait détruit la tour, comme la plus grande partie du monastère. Elle fut reconstruite en 1433 suivant le modèle du clocher primitif. Le cloître a pratiquement été refait au début du 20e siècle, à partir des éléments récupérés. Il dessinait en plan un quadrilatère irrégulier et comportait deux étages construits à des époques différentes. La partie inférieure remontait aux premiers temps de l'abbaye (11e siècle). Plus tard furent construites les galeries supérieures, avec colonnettes et chapiteaux en marbre. La galerie nord s'appuyait contre l'église ; celle de l'ouest contre les bâtiments renfermant la salle capitulaire ; celle de l'est, à la maison abbatiale. La galerie sud pouvait donner sur la gorge. Les galeries n'étaient pas voûtées mais simplement recouvertes d'un appentis. Faisant suite à l'église souterraine, une terrasse encadrait autrefois un second cloître.
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